Sebelumnya desa ini masuk Kecamatan Telukdalam. Namun, setelah Kecamatan Telukdalam mengalami pemekaran wilayah, beberapa desanya masuk ke dalam hasil pemekaran kecamatan Teluk Dalam, yakni kecamatan Fanayama.
Desa Bawömataluo terkenal sebagai desa budaya dan budaya yang terkenal di desa ini adalah tradisi "Lompat Batu". Desa ini diusulkan menjadi kawasan warisan budaya dunia dalam Situs Warisan Dunia UNESCO pada tahun 2009.
Sejak menyandang status sebagai desa budaya, Bawömataluo memiliki agenda budaya tahunan yang disebut sebagai "Festival Budaya Bawomataluo".